Pondok Pesantren  Luqmanul Hakim dibuka  pada hari Jum’at, 24 Maret 2017 sesuai dengan sosialisasi Pembukaan Madrasah Tsanawiyah Luqmanul Hakim bertempat di gedung TK Luqman Al-Hakim Desa Ngatabaru.

MTs Luqmanul Hakim  berdiri pada  tanggal 24 Maret 2017 dan aktif pada tahun pelajaran 2017/2018  dilatar belakangi oleh kondisi pendidikan  masyarakat Desa Ngatabaru  yang  memprihatinkan antara lain besarnya putus sekolah lulusan SD mencapai 80%, faktor tersebut disebabkan oleh:

1. Rendahnya pendidikan orang tua.
2. Rendahnya  tingkat ekonomi.
3. Kondisi alam yang gersang.
4. Tidak punya transportasi.
5. Sekolah tingkat lanjutan pertama memiliki jarak cukup jauh, tidak bisa ditempuh dengan jalan kaki.
6. Rendahnya pengamalan agama di masyarakat.

Jadi Pondok Pesantren ini adalah bentuk kepedulian terhadap kondisi masyarakat Desa Ngatabaru.